Folikulární punkce je prováděna za pomoci nejmodernějších ultrazvukových přístrojů a téměř výhradně pochvou (= transvaginálně). Folikuly jsou zobrazeny vaginální sondou a následně je vedena jehla ve směru punkční linie do centra folikulu tak, aby aspirovala folikulární tekutinu i s vajíčkem. Tento úkon se provádí většinou v lehkém spánku (analgosedace nebo krátkodobá celková anestezie). Některé pacientky si i k provedení tohoto výkonu žádnou medikaci nepřejí.