Jako ve všech oblastech medicíny platí také zde nejvyšší princip: „Primum non nocere“ (především neškodit)! 

K nežádoucím účinkům fertilizace in vitro patří mnohočetná těhotenství. Ve snaze o vyšší úspěšnost léčby byla dříve zaváděna do dělohy 3 – 4 embrya. Novým vývojem se stala reprodukční medicína v poslední době úspěšná do té míry, že v mnoha případech transfer jednoho nebo dvou embryí stačí ke vzniku těhotenství.