Vždy se snažíme udržet fyzické a psychické zatížení ženy i eventuální zdravotní následky na nejmenší možné míře. Komplikace však nemůžeme – jako při každém jiném zákroku – vyloučit. Stejně tak nelze eliminovat komplikace, jež se vyskytují v souvislosti s každým těhotenstvím (např. potrat, předčasný porod atd.). v tomto ohledu se těhotenství po ICF žádným způsobem neliší od „normálního“ těhotenství. Pravděpodobnost mnohočetného těhotenství je však zvýšena. Při transferu tří embryí dochází v cca 10% případů k výskytu dvojčetného těhotenství a ve 2% k trojčetnému těhotenství. Teoreticky existuje po embryotransferu také riziko mimoděložního těhotenství v dutině břišní, resp. ve vejcovodu. Za normálních podmínek – těhotenství bez metod asistované reprodukce – se pohybuje četnost mimoděložního těhotenství ve vejcovodu kolem 2%. Po embryotransferu, pokud pacientka má vejcovody intaktní nebo jen jejich části, stoupá toto riziko přibližně na 5%.

Typickou komplikací hormonální léčby je tzv. „nadměrná stimulace“ (hyperstimulační syndrom). Tím se rozumí zvětšení vaječníků spojené s tvořením cyst a pocitem tlaku v podbřišku. V ojedinělých případech – především na začátku těhotenství – může být žádoucí krátkodobá hospitalizace. Nadměrná stimulace ve většině případů samovolně ustoupí.