Pokud se během lékařského výkonu podaří získat více než 3 embrya, je možné zbylá embrya kryokonzervovat (zamrazit) a ponechat pro pacientku k pozdějšímu transferu. V případě ovariálního hyperstimulačního syndromu či nevhodných podmínkách pro transfer (např. nízká sliznice děložní) apod. se zamrazují všechna embrya. Zamrazená embrya se uchovávají při teplotě –196 °C v tekutém dusíku. Po rozmrazení je asi 75% embryí vhodných k další kultivaci či transferu, 25% může být poškozeno mrazícím procesem či ustává po rozmrazení v dalším vývoji. Pravděpodobnost otěhotnění po přenosu zmrazených-rozmrazených embryí (KET=kryoembryotransfer) je obvykle asi poloviční oproti přenosu čerstvých embryí.